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選擇適合的滅菌器需要考慮以下幾個因素：
一、滅菌物品的性質
1、對于耐高溫、不耐濕的物品，如玻璃器皿、金屬器械，干烤滅菌器比較合適；如果是怕干熱、耐高溫且耐濕的物品，如培養(yǎng)基、手術器械、敷料等，可選擇高壓蒸汽滅菌器。
2、若是不耐高溫的物品，如某些塑料制品、橡膠制品，這兩種滅菌器可能都不適用，需要考慮其他低溫滅菌方法。
二、滅菌要求
要求滅菌后物品保持干燥的情況，干烤滅菌器是較好的選擇。如果對滅菌速度有較高要求，在物品適用的前提下，高壓蒸汽滅菌器相對更快。
三、操作簡便性
干烤滅菌器操作相對簡單，通常設置好溫度和時間即可。高壓蒸汽滅菌器的操作要考慮更多因素，如加水、正確包裝防止受潮等，但很多高壓蒸汽滅菌器有自動控制程序，也比較方便。
四、滅菌成本
干考滅菌器主要消耗電能用于加熱，成本相對容易計算。高壓蒸汽滅菌器除了用電外，還需要用水，并且可能需要消耗配套的包裝材料等，要綜合考慮成本。
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