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污染是導致細胞培養(yǎng)失敗的一個主要因素，二氧化碳培養(yǎng)箱的制造商們設(shè)計了多種不同的裝置去減少和防止污染的發(fā)生，其主要途徑都是盡量減少微生物可以生長的區(qū)域和表面，并結(jié)合自動排除污染裝置來有效防止污染的產(chǎn)生。
例如，鑒于CO2培養(yǎng)箱在使用過程中有時會伴有霉菌生長，為確保培養(yǎng)箱免受污染且保證儀器箱體內(nèi)的生物清潔性，有些公司開發(fā)設(shè)計了帶有紫外消毒功能的CO2培養(yǎng)箱；還有公司設(shè)計HEPA高效濾器能過濾培養(yǎng)箱內(nèi)空氣，可過濾除去99.97%的0.3um以上的顆粒；此外，自動高溫熱空氣殺菌裝置能使箱內(nèi)溫度達到高溫（如200℃）從而殺死所有污染微生物，甚至芽孢等耐高溫微生物，這些裝置對于細胞培養(yǎng)來說是更有安全保障的。